O empresário Minoru Otsuka do Japão, quando percorria a costa brasileira num cruzeiro ao redor do mundo, ficou sabendo da existência de uma grande comunidade japonesa no Brasil e vindo visitar o Museu, ficou emocionado ao constatar o trabalho e a dedicação de japoneses que para cá imigraram e vêm contribuindo para o engrandecimento do Brasil.
Assim, decidiu fazer uma contribuição significativa `a comunidade japonesa. Parte desta doação, foi recebida pelo Museu que decidiu reformar todo o 3º andar, onde ficam armazenados e preservados 95% de todo o acervo histórico, reconstruindo novas Reservas Tecnicas separadas por categorias de acervo, além da sala de digitalização e a nova secretaria para dar atendimento ao público.
O projeto do novo 3º andar ficou a cargo de ECHOS ARQUITETURA, do arquiteto Roberto Kodama, com o projeto de Eric Ohata. As obras foram executadas pela empresa VIS Engenharia, do engenheiro Marcelo Nagae, eleita depois de uma rigorosa concorrência fechada, que iniciou e terminou toda a obra dentro do cronograma de 4 meses. A parte da marcenaria ficou a cargo da Yamagata Moveis e as obras de acabamento de granito do piso do hall social, a cargo da HOSS Engenharia, numa gentileza do seu presidente Wagner Suzuki.