A Biblioteca do Bunkyo foi criada logo após a fundação da entidade. Atualmente, além das mesas disponibilizadas para estudo ou leitura, das prateleiras com livros divididos por setores, possui uma seção de Imigração Japonesa que reúne acervo de obras relacionadas aos temas da comunidade nipo-brasileira (cerca de 4 mil obras em português, espanhol, japonês e inglês). 

Atualmente, a Biblioteca abriga cerca de 40 mil exemplares de obras na língua japonesa, em sua maioria, e na língua portuguesa. Os principais setores são: Literatura Japonesa (Romance e Poesia); Literatura Mundial; Infantil; Infanto-juvenil; Materiais para estudo de língua japonesa; Culinária Japonesa.

Esse setor também inclui a biblioteca de mangá em japonês – são cerca de 3 mil mangás que foram doados pelo empresário japonês Tetsuhito Amano e pela Universidade Meiji (que possui convênio com o Bunkyo para envio regulares de publicações recentes).

A Biblioteca do Bunkyo também é responsável pela organização de algumas atividades. Uma delas é o Mini-Bazar, que acontece mensalmente, na 1ª quarta-feira de cada mês. Outra é a Feira de Livros Usados, atividade semestral, que ocorre em abril e em outubro de todo ano.